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Le Lycée franco-japonais de Tokyo fait partie du réseau des établissements de l'Agence pour l'Enseignement Français à l'Etranger (A.E.F.E.) rattachée au Ministère des Affaires Etrangères.

C'est un établissement géré par une Fondation de droit local japonais,  créée par l’administration française (AEFE) et le gouvernorat de Tokyo, depuis le 20 décembre 2005.

Il accueille 1020 élèves (septembre 2009).

Tous les élèves sont francophones, de nationalité française ou non. L'enseignement y est dispensé en français (à l'exception des classes de Moyenne, de Grande section de Maternelle et de CP bilingues français/anglais). L'enseignement du japonais est mise en place de la Grande section au CM2 en 2 filières : japonais langue maternelle et japonais langue étrangère.

Les élèves sont accueillis de la petite section de maternelle (3 ans) à la classe de Terminale.

Trois séries générales de baccalauréat général y sont préparées : Littéraire, Economique et Social, Scientifique. En outre, le lycée franco-japonais offre la possibilité de présenter l’Option Internationale du Baccalauréat (OIB japonais).

Le LFJT se situe dans une logique de projet répondant à la double nécessité de :

- prendre en charge et accompagner un public scolaire en évolution (effectifs, composition), pour répondre aux aspirations d'intégration et/ou d'excellence de chacune des composantes et créer les voies de réussite de chacun.

- mener une politique d'ouverture et de rayonnement, en particulier dans le cadre des échanges avec d'autres établissements scolaires ou culturels, afin de remplir pleinement sa mission de lycée français à l'étranger.

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